Druga fala wysiedleń  ruszyła we wrześniu 1942 r. Wtedy miało miejsce najtragiczniejsze wydarzenie w historii całego getta – wywiezienie dzieci do 10 roku życia oraz starców po 65 r. życia, przy czym zaznaczyć należy, że decydował wygląd i zdolność do pracy. Ogłoszono zakaz opuszczania mieszkań, i wśród mieszkańców getta przeprowadzono selekcję. Dzieci i starców wsadzano na wozy (dla małych dzieci często była to nawet atrakcja – po raz pierwszy jechały konnym wozem). Po tej akcji zanotowano wielka liczbę samobójstw w getcie (wymowny opis tych wydarzeń znaleźć można we wspomnianych już pamiętnikach Josefa Zelkowicza, oraz w Kronice Getta). Wielka szpera zapoczątkowana została likwidacją szpitali i sierocińców w getcie. W dniach 3- 12 IX  wywieziono 15 681 osób.
W sumie do jesieni 1942 r. zagładzie uległo 72 745 osób.
„Dziś rozpoczynamy czwarty rok wojny (1 IX 1942). Władze hitlerowskie uczciły tę rocznicę nowym okrucieństwem wobec Żydów: wywieziono ze szpitali wszystkich chorych, bez względu na ich stan zdrowia. Już z wieczora wczorajszego dnia w tajemnicy przedsięwzięto odpowiednie kroki. Zmobilizowano żydowską policję, nie zdradzając jej celu pogotowia. Dziś rano obstawiono szpitale przy ulicach: Wesołej, Drewnowskiej, Łagiewnickiej i zabrano chorych”
Jakub Poznański,

„5 września [1942] ukazało się Obwieszczenie Prezesa nr 391 o zakazie opuszczania domów od godziny 17 aż do odwołania. Ale już w czwartek Rumkowski powiedział nam, że akcja wysiedleńcza obejmie dzieci poniżej dziesięciu lat i starców powyżej sześćdziesięciu pięciu lat”.
Etka Daum

„Na getto spadł ogromny smutek. Żądają od nas, byśmy oddali, co mamy najdroższego: dzieci i ludzi starszych. Nie miałem tego szczęścia, aby mieć własne dzieci, dlatego poświęciłem najlepsze lata życia dzieciom cudzym. Nigdy nie przypuszczałem, że to moje ręce będą składały taką ofiarę na ołtarzu. Przypadło mi w losie, że muszę dziś wyciągnąć do was ramiona i błagać: bracia i siostry, ojcowie i matki – oddajcie mi swoje dzieci”
Mordechaj Chaim Rumkowski,  

„Sami Niemcy wybierali. Biebow dał kartki majstrom i kierownikom, niektórym policjantom, by ich dzieci nie zabierano. Dzieci te zgromadzono w szpitalu (Łagiewnicka 37) i pielęgniarki się nimi zajmowały. Ja właśnie dostałam tę funkcję.”
Dania Kopciowska
„Prezes zdemoralizował policjantów żydowskich, zapewnił bezpieczeństwo ich własnych dzieci, byleby pełni hartu wyrywali cudze dzieci z objęć matek. To było zwyrodnienie ducha getta”.
Oskar Singer